Single-cell developmental classification of B cell precursor acute lymphoblastic leukemia at diagnosis reveals predictors of relapse

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Plain-English Explanations
Pages 1-2
The Relapse Problem in Childhood Leukemia

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TL;DR: Relapse kills children with BCP-ALL despite initial remission. This study asked whether cells that cause relapse can be detected at diagnosis using single-cell technology.
Pages 2-3
Mass Cytometry: Measuring 35 Proteins in Every Single Cell

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TL;DR: The team used mass cytometry to simultaneously measure 35 proteins in individual leukemic cells from 60 patients, then assigned each cell to its closest normal developmental stage.
Pages 3-5
Leukemic Cells Cluster at Early B-Cell Developmental Stages

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TL;DR: Leukemic cells clustered at early B-cell developmental stages, showed developmentally inappropriate protein expression, and had constitutively active mTOR signaling compared to normal B cells.
Pages 5-6
DDPR: Six Features at Diagnosis Predict Future Relapse

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TL;DR: DDPR identified 6 single-cell features -- all from pro-BII and pre-BI populations -- that predicted relapse with iAUC of 0.92 in training and 0.85 in independent validation.
Pages 6-8
DDPR Improves on Standard Risk Tools and Persists at Relapse

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TL;DR: DDPR improves upon standard risk tools and detects high-risk patients earlier; the cell populations it identifies are present at diagnosis and persist at relapse, and can be partially targeted with kinase inhibitors.
Pages 8-9
A New Framework: Single-Cell Biology for Cancer Risk Stratification

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TL;DR: DDPR shows that single-cell developmental analysis outperforms bulk genomics for predicting relapse, and reveals specific signaling targets in the cells most likely to drive treatment failure.
Citation: Open Access, 2018. Available at: PMC5953207.