Continuous Indexing of Fibrosis (CIF): improving the asse...

background

Pages 1-2

The Problem with Grading Bone Marrow Fibrosis in MPN

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TL;DR: Current WHO bone marrow fibrosis grading in MPN is subjective and misses intra-sample heterogeneity, making it difficult to distinguish ET from pre-PMF or detect early fibrotic progression.

overview

Pages 1-2

CIF: A Machine Learning Framework for Continuous Fibrosis Scoring

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TL;DR: CIF scores every image tile in a bone marrow biopsy from 0 to 1, generating quantitative fibrosis heatmaps and metrics that go far beyond the resolution of the 4-grade WHO system.

methodology

Pages 2-3

RankNet and Human-in-the-Loop Training for Fibrosis Ranking

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TL;DR: CIF uses a Ranking-CNN trained through three human-in-the-loop rounds, where pathologists ranked tile pairs by fibrosis severity - achieving 93.99% ranking accuracy without requiring absolute grade labels.

results

Pages 4-5

CIF Reveals Fibrotic Heterogeneity Invisible to Conventional Grading

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TL;DR: CIF detected significantly higher fibrosis in pre-PMF compared to ET despite identical conventional grades, identifying subclinical fibrotic microfoci invisible to standard pathological review.

technical

Pages 6-7

Topological Data Analysis Captures Spatial Structure of Fibrotic Foci

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TL;DR: Topological data analysis of CIF scores revealed that pre-PMF has more numerous and spatially connected fibrotic hotspots than ET, improving ET vs pre-PMF classification from AUC 0.70 to 0.82.

results

Pages 7-8

Predicting Fibrotic Progression and Combining Features with Megakaryocyte Analysis

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TL;DR: CIF predicted fibrotic progression in ET patients with AUC 0.77 using pre-transformation biopsies, and combining fibrosis with megakaryocyte features reached AUC 0.94 for ET vs pre-PMF discrimination.

clinical

Pages 8-9

Clinical Implications for MPN Diagnosis and Disease Monitoring

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TL;DR: CIF improves ET vs pre-PMF diagnosis, provides objective fibrosis monitoring over time, and could serve as a quantitative endpoint in MPN clinical trials testing disease-modifying therapies.

Continuous Indexing of Fibrosis (CIF): improving the assessment and classification of MPN patients.

Original Paper (PDF)

Plain-English Explanations